기자인 주인공은 아내 필리스와 함께 아프리카로 휴가를 떠나던 중 하늘에서 불덩이들이 바다로 떨어져내리는 것을 봅니다. 보통의 별동별들과는 완전히 다른 기괴한 불덩이들의 낙하에 불길함을 느끼는 주인공 ㅡ 나중에 알고보니 대서양 뿐만 아니라 전세계의 바다에 예의 괴상한 불덩이가 떨어져내렸다는 것을 알게 됩니다. 뿐만 아니라 그 뒤로 선박의 침몰사고가 급격히 늘어난다는 사실도.

전 세계가 잇따라 늘어나는 선박 침몰사고에 관심을 기울이는 가운데, 보커 박사라는 과학자가 수상쩍은 이론을 제기합니다. 예의 불덩이는 운석 따위가 아니라, 지구로 이주해온 우주인의 운송수단이다 라고 주장한 보커 박사는 그 우주인이 대체 어느 별에서 왔느냐는 기자들의 비웃음에 "목성" 이라고 대답합니다. 심해의 수압을 견뎌낼 수 있는 지구 외의 생명체라면 엄청난 중력을 자랑하는 목성에서 왔을 가능성이 높다고.
그러나 보커 박사의 경고는 미친 과학자의 헛소리로 치부되고, 선박침몰사고도 뜸해지면서 사람들은 이 사건을 잊게 됩니다.


하지만 그로부터 얼마 후, 해안지대의 외딴 마을 혹은 섬을 중심으로 기괴한 사건들이 연이어 발생합니다. 얼마 전에 찾아갔을 때만 해도 분명히 사람들이 살고 있던 마을인데, 며칠 뒤 찾아가보니 마을은 그대로 있는데 사람이 아무도 남아있지 않는 겁니다. 식탁에는 음식과 술이 남아있고, 카드를 치던 흔적이라던가... 그 밖에도 여러가지 생활의 흔적이 그대로 남아있는데, 사람들만 증발한 것처럼 사라져버린 상황 ㅡ 해변에는 뭔가 무거운 것을 끌고 간 듯한 자국이 바다로 길게 이어져 있었습니다.

이런 괴상한 증발사건이 연이어 발생하는 와중에, 보커 박사와 주인공은 이 수수께끼의 괴사건 취재를 나서게 됩니다. 사건이 연이어 발생한 해역의 섬마을을 돌며 사건이 발생하기를 기다리던 주인공 일행. 그러던 어느날, 마침내 그들은 사건의 실체를 목격하게 됩니다.
바다에서, 거대한 반구 모양의 전차가 해변으로 올라왔습니다. 사발을 엎어놓은 것 같은 모양에 반질반질한 재질을 가진 이 전차는 묵직한 움직임으로 마을로 기어올라오더니, 끈끈이주걱 같은 촉수를 내뿜어 사람들을 붙잡아 끌고가기 시작한 것입니다. 일단 실종 사건의 범인은 바로 이놈들이었던 것이죠.
사람들은 필사적으로 이 바다 전차에게 대항했지만, 총 같은걸로는 전차에게 상처를 입힐 수 없었습니다. 주인공 일행도 위기에 처한 찰나, 다행히도 다른 섬에 머물고 있던 동료가 비행기로 전차를 공격하여 가까스로 녀석들을 격퇴할 수 있었습니다.


이 사건으로 세계는 보커 박사가 주장했던 목성인 침공설을 인정하게 되었습니다. 목성인들이 바다 밑에서 무엇을 하고 있는지, 또 무엇을 위해 인간들을 끌고 가는지는 알 수 없지만, 세계 각국은 바다 전차의 침공에 맞서 방어전에 나섭니다. 바다에 기뢰를 뿌리고, 해안에 군대를 배치하고 바다 전차가 나타나면 포격과 공군 폭격을 퍼부어 전차들을 격퇴했습니다.
이런 지구인들의 반격에 바다전차의 출몰이 점차 뜸해지기 시작하자, 목성인들과의 싸움에서 승리하고 있다고 확신하는 사람들이 늘어갔습니다. 그러나 그건 성급한 환호였지요.


다시 몇 달의 시간이 흐르고, 바다를 항해하는 뱃사람들은 북극과 남극의 얼음이 녹고 있다는 사실을 발견했습니다. 해수면이 조금씩 조금씩 오르기 시작할 때, 보커 박사는 이것이 목성인들의 또다른 공격이라고 확신합니다. 해저의 마그마 등을 이용해 얼음을 녹여 대홍수를 유발할 작정이라고 ㅡ 그러나 바다 전차의 습격과는 달리, 이 공격에는 대항할 방법이 없었습니다.

드디어 홍수가 시작되고, 주요도시가 물에 잠기기 시작합니다. 주인공과 아내 필리스도 홍수를 피해 피난을 나서지만, 대홍수는 그들이 피난한 콘월마저 고립시켜 버립니다. 주인공과 필리스는 절망하지 않고 생존을 위해 투쟁하지만, 모든 문명과의 연락이 두절된 상태에서 "살아남은 인간은 우리 부부 뿐이 아닐까...?" "지구는 결국 목성인들에게 이렇게 패배하는 것일까...?" 라는 두려움과 고독감에 자포자기 상태에 빠집니다. 그러던 어느 날, 수상비행기를 타고 죽은 줄 알았던 보커 박사가 찾아옵니다. 박사는 그간의 소식을 전하며, 목성인들의 바다전차가 홍수를 틈타 여러 곳을 습격해왔지만, 이제 해저에 있는 목성인들을 공격할 수 있는 초음파 병기를 개발하여 세계 각국이 반격에 나섰다고 알려줍니다. 그리고 서서히 해수면이 내려가고 있다는 소식도.


소설은 여기서 끝납니다.